Premda je službeno osnovan 1902., O.T.O. predstavlja izbijanje na površinu i sjedinjavanje različitih tokova ezoteričke mudrosti i znanja koji su prvobitno bili podijeljeni i koji su zbog političke i religiozne netolerancije tijekom mračnih vjekova prešli u tajnost. Njegova tradicionalna linija nasljeđa vodi se preko Slobodno-zidarskog, Rozenkrojcerskog i Iluminatskog pokreta 18. i 19. vijeka, preko križarskih Vitezova Templara srednjeg vijeka, do ranog kršćanskog i predkršćanskog Gnosticizma. Njegov simbolizam sadrži ponovno sjedinjavanje skrivenih tradicija Istoka i Zapada, a njegovo razlučivanje od ovih tradicija omogučilo mu je da prizna istinsku vrijednost velikog otkrovenja Knjige Zakona.

Duhovni Otac Ordo Templi Orientisa bio je Karl Kellner, bogati austrijski industrijalac, Slobodni Zidar, proučavatelj Istočnjačkog misticizma i inicijat organizacije zvane Hermetičko Bratstvo Luči (Hermetic Brotherhood of Light). Hermetičko Bratstvo Luči (ili Luxora) bilo je mističko udruženje koje je osnovao Max Theon u Engleskoj. Drugi poznati članovi Hermetičkog Bratstva Luxora su bili Helena P.Blavatsky, Kenneth MacKenzie, Paschal Beverly Randolph, William Wynn Wescott, Stanislas de Guaita, Rudolph Steiner i Rene Guenon. Zadnjih godina 19. vijeka, Kellner je navodno stupio u kontakt sa tri adepta koji su mu otkrili "Ključ" koji je pružao jasno objašnjenje čitavog kompleksnog simbolizma Slobodnog Zidarstva, i kako je Kellner vjerovao, otvarao misterije Prirode. Da bi se ovo otkriće razradilo i dalje posredovalo, Kellner je svojim suradnicima predložio da osnuju reformirano Hermetičko Bratstvo Luči u Njemačkoj koje bi bilo "Academia Masonica" od tri stupnja, i koje bi se zvalo Orijentalni Red Templara (Oriental Templar Order). Taj Red, otvoren samo inicijatima najvišeg stupnja Masonerije, objašnjavao bi simbolizam svih stupnjeva različitih rituala Masonerije u svjetlosti "Ključa" koji je Kellner posjedovao.

Jedan od Kellnerovih suradnika, Theodor Reuss, u to je vrijeme bio vođa njemačke reformacije Reda Iluminata, Veliki Majstor Svedenborškog Rituala Masonerije u Njemačkoj, te Magus reda Societas Rosicruciana in Germania. Uz Kellnerovu pomoć, Reuss je od engleskog stručnjaka za Masoneriju Johna Yarkera dobio povelje da vodi dva sistema Masonerije visokih stupnjeva znanih kao Rituali Memphisa i Mizraima od 97. stupnja i 90. stupnja , te Drevni i prihvaćeni Škotski Ritual 33. stupnja (Cernau Council of New York, 1807). Ovi rituali zajedno sa Svedenborškim Ritualom su usvojeni kao integralni dijelovi Reda. Svedenborški Ritual je uključivao verziju Zanatskih stupnjeva (stupnjevi Šegrta, Kalfe i Majstora, opp.) dok su Škotski Ritual te Ritual Memphisa i Mizraima uključivali selekciju "visokih rangova" koja je bila najkompletnija do tada. Sve zajedno to je činilo kompletan sistem masonske inicijacije kojom je Red raspolagao. Inkorporacijom ovih rituala Red je bio osposobljen da djeluje kao potpuno nezavisan masonski sistem.

1902. godine osnivanje Ordo Templi Orientisa je službeno proglašeno. Reuss (Frater Merlin, također znan kao Frater Peregrinus) je naimenovan Vanjskim Vođom Reda (Outer Head of the Order, O.H.O.) sa Kellnerom kao Počasnim Velikim Majstorom. Kellner je umro 7.Lipnja 1905. godine. Uz suradnju suosnivača Reda, Franza Hartmanna i Heinricha Kleina, Reuss je 1906. pripremio konstituciju Reda. Uz učešće mnogih drugih inicijata, oni su od labavo organizirane grupe rituala razvili O.T.O. u kompletan masonski inicijacijski sistem, otvoren i muškarcima i ženama, koji je u sebi koncentrirao sav značajni simbolizam tri Zanatska stupnja Masonerije, mirijade stupnjeva rituala Masonerije visokih stupnjeva, te brojnih drugih društava (dolje nabrojenih), u deset glavnih i osam pomoćnih stupnjeva. Kellnerova tri stupnja "Academiae Masonicae" činila su VII., VIII. i IX. stupanj ovog sistema.

Spisak organizacija čiji je simbolizam i učenje O.T.O. kao Academia Masonica obuhvaćao publiciran je 1912. godine u "Manifestu O.T.O.". To su bile ove organizacije: Gnostička Katolička Crkva, Red Vitezova Svetog Duha, Red Iluminata, Red Vitezova Svetog Groba, Skrivena Crkva Svetog Grala, Hermetičko Bratstvo Luči, Sveti Red Ružinog Križa Heredoma, Red Svetog Kraljevskog Svoda Enoha, Drevni i Prvobitni Ritual Masonerije, Ritual Memfisa, Ritual Mizraima, Drevni i Prihvaceni Škotski Ritual Masonerije, Svedenborški Ritual Masonerije, Red Martinista i Red Sat Bhai.

Revidirana verzija Ustrojstva je objavljena 1917. godine, a kasnije, 1919. godine, Aleister Crowley je objavio još više revidiranu verziju Ustrojstva pod nazivom: "Priopćenje s Osvrtom na Ustrojstvo Reda" (Liber CXCIV).

Od 1902. do 1921. godine Reuss je širio O.T.O. na međunarodnom planu putem imenovanja i opunomoćavanja nacionalnih poglavara koji su nosili titulu X. stupnja. Opunomoćeni nacionalni poglavari X. stupnja su trebali voditi O.T.O. poslove bez svakodnevnog nadzora od strane međunarodnog sjedišta. Nacionalni poglavari su se trebali pridržavati O.T.O. Ustrojstva iz 1906. godine (u skladu s revizijom iz 1917.g.) te voditi zapisnike o članstvu u svojim zemljama. Dr.Gerard Encausse (Frater Papus), koji je također bio vođa Gnostičke Katoličke Crkve i Reda Martinista, je bio poglavar O.T.O. u Francuskoj. Dr.Krumm-Heller (Frater Huiracocha) je bio poglavar O.T.O. u Latinskoj Americi. Heinrich Tranker, koji je također bio vođa njemačkog pokreta "Pansophia", vodio je O.T.O. provinciju u Njemačkoj; O.W.Hansen-Kadosh je bio poglavar O.T.O. provincije u Danskoj, a Rudolph Steiner (koji je poslije osnovao Antropozofsko Društvo) je vodio O.T.O. provinciju u Austriji. Aleister Crowley (Frater Baphomet), koji se pridružio Redu negdje između 1910. i 1912. godine, bio je zadužen za O.T.O. na Britanskim Otocima. Charles Stansfield Jones (Frater Parzival) bio je poglavar O.T.O. u Sjevernoj Americi i on je svoju provinciju pridružio Crowleyevoj. Crowley je opunomoćio O.T.O. provincije u Južnoj Africi pod upravom Thomasa Windrama (Frater Mercurius) i u Australiji pod upravom Franka Bennetta (Frater Progradior ili AHAH).

Nacionalni poglavari su obično koristili posebno ime za niže (masonske) stupnjeve O.T.O. koje su vodili, mada je za cjelokupan sistem korišteno ime "Ordo Templi Orientis". Crowleyeva britanska sekcija je bila poznata kao "Mysteria Mystica Maxima" ili M.'.M.'.M.'., dok je Reussova švicarska sekcija bila poznata kao "Mysteria Mystica Aeterna". Krumm-Hellerov južnoamerički O.T.O. postao je poznat kao Ordo Templi Orientis Antiqua, ili O.T.O.A. Gerard Encaussova provincija je konačno postala znana kao "Francusko-Haićanski O.T.O." (Franco-Haitian O.T.O.).

Sve takve O.T.O. provincije, bez izuzetka, bile su opunomoćene, dokumentirane i registrirane od strane O.T.O. autoriteta. Isto tako su dokumentirana i sekundarna opunomoćenja, npr. AMORC, iz San Hozea, Rozenkrojcerska organizacija sa sjedištem u Kaliforniji, koju je osnovao H. Spencer Lewis, VII. stupanj O.T.O., dobila je 1921. godine "Potvrdu Prijateljstva" - dokument od O.T.O.-a.

Pod Reussovim vodstvom, O.T.O. je uglavnom bio masonsko udruženje. Inicijacije u stupnjeve Škotskog Rituala, te Rituala Memfisa i Mizraima, smatrane su jednakima inicijacijama u odgovarajuće O.T.O. stupnjeve. Slobodni Zidari visokog stupnja, koji su svoje masonske inicijacije primili od drugih priznatih masonskih autoriteta, postajali su članovi O.T.O. stupnjeva tako što su im se direktno priznavali masonski stupnjevi koje su oni već posjedovali. Da bi takvi masoni stupili u odgovarajući stupanj O.T.O. bilo je potrebno samo da časnici Velike Lože O.T.O. izdaju potvrdu o članstvu u O.T.O., za stupanj koji je u pitanju, i da zabilježe ime novog člana u Zlatnu Knjigu. Za one koji nisu bili masoni, tražila se serija inicijacija u O.T.O. Te inicijacije koje je posredovao O.T.O. pokrivale su odgovarajuće stupnjeve Škotskog Rituala i Rituala Memfisa i Mizraima.

Crowley nikad nije bio zadovoljan masonskim karakterom O.T.O. Slobodnozidarski autoriteti u Sjedinjenim Državama i Engleskoj nisu se slagali s tim da druge organizacije izvode inicijacije u Zanatske Stupnjeve na područjima njihove jurisdikcije. Još važnije, Crowley je smatrao da je simbolizam Slobodnog Zidarstva postao toliko iskrivljen da je bio beskoristan, i da je okoštao u staroeonskom pogledu na život. Crowley je preuzeo na sebe da pripremi revidirane rituale koji bi sažeto i dramatski prenosili značaj Zanatskih i Visokih stupnjeva, a koji ne bi povređivali prava i privilegije uspostavljenih masonskih Autoriteta, i koji bi odražavali novoeonski , a ne staroeonski, pogled na život. Crowley je to učinio oko 1913. i prilagodio ove revidirane rituale za uporabu u svom vlastitom ogranku O.T.O., M.'.M.'.M.'.. Oko 1917., on je ove rituale ponovo revidirao, ovaj put u potpunosti odbacujući termin "Masonerije" i karakteristične ambleme, znake, stiskove rukom, itd., Zanatskih stupnjeva. On je ponudio svoje revidirane rituale Reussu da bi bili usvojeni u čitavom Redu, i Reuss je na kraju usvojio nove rituale kao službene rituale Ordo Templi Orientisa.

Theodor Reuss se povukao sa funkcije poglavara O.T.O. 1921. nakon što je doživio srčani udar. Umro je naredne godine. Crowely je bio određen da nasljedi vodstvo internacionalnog O.T.O., i konačno mu je taj status potvrđen i od strane nacionalnih poglavara X. stupnja. Crowley je služio kao Vanjski Vođa Reda od 1922. do svoje smrti u prosincu 1947. Neke Nacionalne O.T.O. provincije u početku nisu bile voljne prihvatiti Aleistera Crowleya kao O.H.O. Reda O.T.O., zbog toga što je on inzistirao na tome da glavni religiozni izraz O.T.O. bude Thelema, religija bazirana na Knjizi Zakona. Dio Trankerovog njemačkog O.T.O. je masovno odstupio i rekonstruirao se kao jedna potpuno nova organizacija po imenu Fraternitas Saturni, pod vodstvom Eugena Groschea. Fraternitas Saturni postoji i danas u Njemačkoj, Kanadi i drugdje, i ne predstavlja se kao O.T.O.

Aleister Crowley je nastavio praksu Theodora Reussa bilježeći članove u Zlatnu Knjigu i izdavajući povelje. Crowley je ukinuo praksu primanja Slobodnih Zidara visokog ranga u Red bez predhodnog iniciranja u revidirane stupnjeve koje je on razradio za M.'.M.'.M.'..

Agape Loža br.1 bila je ustanovljena 1912. u Vancouveru, B. C., Kanada, pod autoritetom Jonesa i Crowleyja. 1930-tih, Wilfred Talbot Smith, opunomoćeni član Agape Lože br.1, preselio se iz Vancouvera, B.C., Kanada, da bi prema Crowleyjevim instrukcijama zajedno sa Jane Wolfe radio na uspostavljanju Agape Lože br.2 u Los Angelesu, Kalifornija. Agape loža br.2 održala je svoj prvi sastanak 1935. u Hollywoodu, California. Agape Loža je uveliko doprinjela Crowleyjevom objavljivačkom radu, i Crowley je imenovao Smitha (Frater Ramaka) kao X. stupanj za U.S.A. Kasnije, Agape Loža se preselila u Pasadenu, California, a vodi je Johan W. "Jack" Parsons (Frater Belarion), uvaženi kemijski inžinjer i pionir zrakoplovstva. Parsons je učestvovao u osnivanju ove dvije uvažene ustanove - "California Institute of Technology, s Jet Propulsion Laboratory" i "Aerijet General".

Kada je izbio II svjetski rat, međunarodne komunikacije su bivale sve više prekinute, a civilna putovanja su bila ograničena. Crowley je postao sasvim ovisan o svojim predstavnicima u inostranstvu, pošto sam nije bio u mogućnosti da putuje. Karla Germera, Crowleyjevog njemačkog predstavnika, uhapsio je Gestapo i držao ga u nacističkom koncentracijskom logoru radi toga što je "sakupljao studente za stranog državljanina, Slobodnog Zidara visokog ranga, Crowleyja". Oslobođen početkom rata zahvaljujući zalaganjima američkog konzula, Germer je konačno doputovao u Sjedinjene Države, gdje je, kao Veliki Opći Rizničar (Grand Treasurer General) i Crowleyjev zamjenik, upravljao večinom poslova u O.T.O. Drugi europski ogranci O.T.O. bili su uništeni ili su prešli u tajnost tijekom rata. Južnoamerički ogranci su održavali slabu vezu sa Germerom do ranih 1960-tih godina.

Na kraju II svjetskog rata funkcionirala je još samo Agape Loža br.2 u Pasadeni, California. Nikakav rad Lože nije zabilježen u Engleskoj u to vrijeme, a izvan Californije inicijacije su bile veoma rijetke. Južnoamerički O.T.O.A. nije održavao inicijacije, ali poslao je kandidata, Dr. Gabriela Montenegroa na inicijaciju u Californiu.

Tijekom II svjetskog rata dva Californijska O.T.O. člana, Grady Louis McMurtry i Frederick Mellinger ( koji je prvobitno bio izbjeglica iz Hitlerove Njemačke), putovali su u Europu po vojnim zaduženjima. McMurtry je doputovao ranije i posjetio je Crowleyja nekoliko puta tijekom dopusta. Postojao je blizak odnos između ova dva čovjeka i Crowley je naimenovao McMurtryja (Frater Hymenaeus Alpha) za člana IX. stupnja O.T.O. i za Suverenog Velikog Općeg Inspektora Reda ( Sovereign Grand Inspector General of the Order). Crowley je opunomoćio McMurtryja dokumentima koji su mu omogućavali da u slučaju hitne potrebe ima autoritet da nadgleda čitav rad Reda u Californiji (kao što je ranije rečeno, to je bilo jedino tijelo O.T.O. koje je u to vrijeme funkcioniralo). Crowley je uz to naimenovao McMurtryja za svog osobnog predstavnika u U.S.A., čiji je autoritet bio jednak Crowleyjevom. Ove dvije povelje, datirane 22. ožujka 1946. i 11. travnja 1946., bile su podložne jedino Germerovom odobrenju, vetu ili reviziji. Crowley je već bio obavjestio Germera o McMurtryjevim poveljama, kada je ovaj došao na sastanak Agape Lože na kojem je predsjedao McMurtry. Šest mjeseci prije svoje smrti (17. lipnja 1947.) Crowey je pisao McMurtry i obavijestio ga da, dok je Germer određen da bude Crowleyjev nasljednik kao Vođa O.T.O., McMurtry treba biti spreman da naslijedi Germera.

Mellinger je posjetio Crowleyja nakon što je McMurtry prebačen natrag u Sjedinjene Države. Premda je Crowley zamolio Mellingera da bude spreman kao mogući Germerov nasljednik, Mellinger nije primio nikakvu potpisanu naznaku one vrste koja je bila data McMurtryju.

Crowley je umro 1. prosinca 1947. i u skladu sa njegovom željom Karl Germer (Frater Saturnus) je postao O.H.O. Reda O.T.O. služeći u toj funkciji od kraja 1947. do svoje smrti 1962. Agape Loža br.2 nastavila je sa radom u južnoj Californiji do 1949., nakon čega je Loža prestala održavati redovne sastanke.

Germer je bio miran i povučen čovjek, i prije svega zainteresiran za objavljivanje Crowleyjevih djela. Nekoliko O.T.O. članova mu je u tome pomoglo, ali, osim unapređenja onih koji su već bili inicirani, nove inicijacije se nisu održavale. Germer je obavijestio McMurtryja i ostale da O.T.O. treba biti inkorporiran i da će njime upravljati trijumfirat časnika, ali ova inkorporacija nije izvršena pod Germerovom upravom nad O.T.O. Germer je izdao povelju za jedan O.T.O. Kamp u Engleskoj pod vodstvom Kennetha Granta, člana III. stupnja; ali kasnije je zatvorio Kamp i izbacio Granta iz O.T.O. članstva, kada je čuo da je Grant krivotvorio rituale. Germer je također bio zainteresiran za rad Hermanna Metzgera (Frater Paragranus) u Švicarskoj, da ozakoni Metzgera unutar Crowleyjevog O.T.O. Za Metzgera se smatralo da predstavlja poslijeratni ostatak iz ranijeg Reussovog perioda, ali da nema originalnu vezu sa Crowleyjevim O.T.O. Germer i Metzger su došli u sukob pred kraj Germerovog života. Metzger se nije angažirao u O.T.O. aktivnostima niti direktno niti indirektno u Sjedinjenim Državama.

Germer je umro 1962. a da nije ostavio određenog nasljednika. Neki ugledni članovi, uključujući i Gradyja McMurtryja, nisu nekoliko godina čuli za njegovu smrt, i tako je prošlo nekoliko godina prije nego što se postavilo pitanje nasljedstva funkcije poglavara O.T.O. Metzger je u Švicarskoj objelodanio tvrdnju da je on vođa Reda, koju je bazirao na privatnim izborima za koje je rečeno da su se održali u Švicarskoj. Uvaženi članovi O.T.O. izvan Švicarske nisu bili obavješteni o izborima koji su poduprli Metzgera sve dok navodni izbori nisu prošli. Metzger nije opće prihvaćen kao vođa Reda izvan njegove grupe. Kenneth Grant je isto tako iznio tvrdnju da je on vođa O.T.O., ali to je bilo nakon što ga je Germer isključio iz članstva.

Kada je McMurtry postao svijestan kritičnog stanja u koje je Red zapao nakon Germerove smrti, bio je primoran da se pozove na svoje dokumente koje je dobio od Crowleya za slučaj hitne autorizacije. 1969. godine preživjeli O.T.O. članovi iz Germerovog i Crowleyovog doba bili su pozvani da se pridruže McMurtryju da ponovo uspostave regularne aktivnosti O.T.O. U to vrijeme bilo je manje od tucet preživjelih članova O.T.O. u Sjedinjenim Državama. 28. XII 1971.e.v. u državi California registrirano je Udruženje Ordo Templi Orientis (Ordo Templi Orientis Association) kao vid legalnog entiteta O.T.O. Ovo udruženje uključilo je članove Agape Lože br.2 iz Crowleyevog i Germerovog vremena. Grady McMurtry je aktivirao svoja pisma s punomoćima i preuzeo titulu "Kalif O.T.O.", koja je navedena u Crowleyevim pismima McMurtryju iz 1940-tih.

1977. McMurtry je održao O.T.O. inicijacije u svojoj kući u Berkleyju, California, i tu pokrenuo grupu. O.T.O. je bio inkorporiran u zakone države California 26. ožujka 1979.e.v. Oni koji su pismeno mogli dokazati da su O.T.O. članovi, kao i oni za koje se znalo da su članovi od ranije, bili su obaviješteni o stvaranju ove korporacije i ostavljen im je izvjestan vremenski period da pismeno potvrde želju da nastave članstvo u skladu sa običajem kojeg je ranije uspostavio Kerl Germer. Ova korporacija je postala oslobođena Federalnog poreza kao religiozni entitet 1982. u skladu sa IRS CODE 501 (c)3.

Marcelo Motta je učinio još jedan pokušaj preuzimanja uprave nad O.T.O. pod imenom "Društvo Ordo Templi Orientis" (Society Ordo Templi Orientis). Gospodin Motta je tijekom niza godina bio osobni student Karla Germera. Nakon Germerove smrti, Motta je formirao grupu u svojoj domovini Brazilu. Motta je u početku priznavao Kennetha Granta kao vođu O.T.O., ali odustao je od tog priznanja kada je saznao da je Germer Granta bio izbacio iz Reda. Motta je konačno došao u Sjedinjene Države da zahtjeva pravo na Crowleyev copyright. Najprije je tužio Samuel Weiser Inc., izdavača mnogih Crowleyevih djela, radi uzurpiranja copyrighta i zaštitnih obilježja; smatrajući da je on jedini predstavnik Crowleyevog O.T.O. Ovaj slučaj je riješen u Weiserovu korist na U.S. Okružnom Sudu u Maineu. Sud je smatrao da Mottine tvrdnje o O.T.O. ne prolaze test legalne utemeljenosti. Tijekom procesa u Maineu, O.T.O. pod McMurtryjem dao je Motti poziv za proces koji će se održati u 9-tom Federalnom Okružnom Sudu u San Franciscou. San Francisco slučaj završen je 1985., i Motta je ponovo izgubio. Sud je priznao da je O.T.O. pod McMurtryjem nastavak O.T.O. Aleistera Crowleya i da je isključivi vlasnik imena, zaštitnih znakova, copyrighta i drugih dobara O.T.O. Potvrđeno je da je McMurtry O.H.O. Reda O.T.O. unutar Sjedinjenih Država. Odlukom 9-tog Okružnog Suda O.T.O. pod McMurtryjem je priznat kao legalni entitet baziran na članstvu. Na ovu odluku uložena je žalba, koja je prihvaćena. Grady McMurtry umro je 12. srpnja 1985., nakon prvobitne odluke 9-tog Okružnog Suda, ali procesom žalbe ustanovljeno je da O.T.O. može nastaviti kao korporacija.

Dva mjeseca nakon McMurtryjeve smrti održani su izbori, sa prisutnim svim članovima O.T.O. koji su imali pravo glasa. Frater Hymenaeus Beta izabran je za Kalifa i vršitelja funkcije O.H.O. Reda O.T.O. u rujnu 1985. Hymenaeus Beta nastavio je svoju službu do današnjeg dana.