Prvi nama poznati oblici gnosticizma nastali su na području Bliskog Istoka, pretpostavlja se, dva do tri stoljeća prije Nove Ere u malim zajednicama posvećenika - mistika koji su pokušavali doći do najviših spoznaja putem srca - predanosti najvišem, božanskoj ljubavi. U ta doba taj pristup je bio potpuno suprotan dominantnoj židovskoj tezi poslušnosti zbog straha od božje kazne. Jedni od danas rijetkih sačuvanih materijala koji govore o tadašnjem gnosticizmu su Qumranski svitci - "Svitci s Mrtvog mora" nastali negdje oko 200 - 250 godina prije Nove Ere. S vremenom gnosticizam se razvijao i širio te su se namnožile mnogobrojne Gnostičke zajednice po cijelom području Bliskog Istoka i antičkog svijeta. Prema legendi, jedan od autoriteta i vođa jedne skupine je bila osoba koju danas zovemo "Isus Krist" što mu je bila neka vrsta magičkog imena i oznaka duhovnog postignuća. Predaje i legende su dovele do stvaranja posebnih priča o njegovom životu i djelovanju, te učenja koje su naknadno dovele do stvaranja posebnog oblika gnosticizma budućeg kršćanstva. Takve gnostičke zajednice razvijale su svoje sisteme poduke i prepoznatljive tekstove - Evanđelja, posebno nadahnute tekstove prepune dubljim značenjima koji su gnosticima služili kao poticaj i nadahnuće u njihovom duhovnom Radu. Neki fragmenti tih spisa postoje i danas poznati pod imenom Apokrifni spisi.

Razvoj takvih zajednica politički nije odgovarao Rimskom carstvu kojem je time propadao jedan od osnovnih stupova vlasti - državna religija, te su pokušali progonima likvidirati opasnost. S vremenom se to pokazalo nemoguće te je na red došla stara Rimska doktrina - koga ne možeš pobijediti, pridruži mu se. Tako je izabrana jedna manja i neuglednija zajednica čiji su poglavari bili spremni prihvatiti sve što se tražilo od njih u zamjenu za političku vlast. Tako stvorena državna religija koja je odbacila svoje izvore i temeljne ciljeve - težnju za spoznajom boga, zabranjuje bilo kakav oblik rada na samoostvarenju te počinje progon svih ostalih gnostičkih crkvi, i ostalih religijskih zajednica koji traje do danas. Vremenom Rimsko Carstvo ipak neumitno propada te kao jedini njegov ostatak ostaje njegova državna religijska organizacija - Kršćanska Crkva.

Tokom nemilosrdnih progona idućih tisuću i po godina gnosticizam kao i sve ostale škole i učenja na većem dijelu Evrope odlaze u strogu tajnost. Zbog opasnosti glavnina tih učenja nije nikad izašla u javnost tako da danas iz tih vremena imamo samo fragmente nekih učenja iz npr. Katarskih, Bogumilskih i drugih manjih zajednica i to uglavnom iskrivljenih od strane njihovih neprijatelja. Pretpostavlja se da mnogi spisi iz tih vremena postoje i danas ali su dobro čuvani i skriveni od javnosti u raznim bibliotekama Katoličke Crkve koja bi navodno prilikom uništavanja tih spisa obavezno sačuvala barem jedan primjerak u svojim tajnim arhivama.

Slabljenjem moći kršćanskih organizacija stvorili su se uvjeti za slobodniji rad i poduku tako da u prethodna dva stoljeća dolazi do ponovnog buđenja i razvoja gnosticizma naročito u Francuskoj gdje se 1890 godine pokreče Gnostička Crkva od strane Julesa Dionela. Idućih nekoliko godina bilo je ispunjeno antipropagandom i mnogim ponekad i komičnim događanjima u gnostičkoj javnosti vezanih za razvoj i prihvaćanje gnosticizma u javnosti , ali se razne novostvorene gnostičke crkve razvijaju i granaju u razne međusobno nezavisne Crkve sa svojim podukama. Godine 1908 Theodor Reuss - vođa Reda O.T.O. prima posvećenje u biskupa od velikog autoriteta i posvećenika Gerarda Encaussea te započinje uvođenje Gnostičke Crkve i gnosticizma u O.T.O.-u .